En el banquillo de los acusados se encuentran el excomandante de la Fuerza de Submarinos, Claudio Villamide; el excomandante de Adiestramiento y Alistamiento Naval, Luis Enrique López Mazzeo; el exjefe del Estado Mayor del Comando de la Fuerza de Submarinos, Héctor Alonso; y el exjefe del Departamento de Operaciones, Hugo Miguel Correa. Los cuatro están imputados por presunto incumplimiento de los deberes de funcionario público, omisión de deberes del oficio y estrago culposo agravado por el resultado de muerte.

De acuerdo con el diario Tiempo Sur de Río Gallegos, el debate está a cargo de los jueces Mario Reynaldi, Luis Alberto Giménez y Enrique Baronetto, quienes deberán determinar si existieron fallas operativas, de mantenimiento o de conducción que contribuyeron a la tragedia. El debate se extenderá por varias semanas, con audiencias alternadas previstas hasta julio, en las que se expondrán pruebas, peritajes y testimonios.

La causa estuvo atravesada por una fuerte controversia en torno del lugar donde debía realizarse el juicio. Finalmente, en octubre de 2025 la Sala IV de la Cámara Federal de Casación Penal resolvió que el proceso se lleve adelante en Santa Cruz, rechazando los planteos que proponían trasladarlo a Mar del Plata o a los tribunales de Comodoro Py.

Después de la identificación de los imputados, se procedió a leer el pedido de elevación de juicio: allí se escuchó lo sucedido el día del colapso, como así también distintas pruebas realizadas al submarino.

Los restos del submarino ARA San Juan, desaparecido el 15 de noviembre de 2017 con 44 tripulantes a bordo, fueron localizados un año después sobre el lecho marino a unos 900 metros de metros de profundidad en el Atlántico Sur. La localización fue realizada por el buque “Seabed Constructor”, de la empresa estadounidense Ocean Infinity, que desde el 6 de septiembre estaba al frente de las operaciones de búsqueda en la zona en la que el submarino perdió contacto, aproximadamente a 250 millas náuticas (460 kilómetros) al este del Golfo chubutense de San Jorge. El ARA San Juan fue localizado a 800 metros de profundidad en el área denominada Site-1, tras la inspección realizada en inmersión por un vehículo de operación remota (ROV).

El ARA San Juan, un submarino clase TR-1700, de 66 metros de largo y 3,6 de ancho, perdió contacto con la Armada a las 7.19 del miércoles 15 de noviembre de 2017, ocho horas después de que el jefe de operaciones del submarino informara sobre un principio de incendio en el tanque de baterías número 3, provocado presuntamente por el ingreso de agua por el sistema de ventilación.

Al momento de su desaparición, el buque navegaba en medio de un fuerte temporal, mientras realizaba una patrulla de mar para tratar de identificar buques que pescaran ilegalmente dentro del espacio marítimo argentino